Наруто Узумаки возвращается в родную деревню спустя годы тренировок и узнаёт о том, что его старый друг Гаара был похищен таинственной организацией Акацки. Сакура Харуно и Какаши Хатаке сопровождают его по пути в Деревню Скрытого Песка, откуда герой вместе с Чиё отправляется на поиски логова Акацки чтобы спасти Казекаге. Помимо основного отряда Листа на помощь спешит и вспомогательный, в состав которого входят Неджи Хьюга, Рок Ли, Тентен и Майто Гай.
Какаши попадает в госпиталь после использования "Камуи", Наруто и Сакура готовятся к путешествию на Мост Небес и Земли. Указом Цунаде их новым капитаном становится член АНБУ Ямато, а также в качестве сопровождающего отправляется Сай из Корня АНБУ. Отношения в команде обостряются всё сильнее по дороге к мосту. Тем не менее, новая Команда №7 придумывает стратегию на случай появления шпиона, которым в итоге оказывается Кабуто Якуши. Внезапно из кустов выпрыгивает Орочимару, провоцируя Наруто. Молодой Джинчурики более не в силах сдерживаться: высвободив четыре хвоста, он атакует Саннина, в итоге заставляя злодея сбежать. Разъярённый Наруто ранит Сакуру, и только Ямато удаётся его сдержать. Сай же оптравляется вместе с Орочимару под прикрытием посланника Данзо. Истинной же целью Сая является Саске Учиха, точнее его ликвидация.

Попытка убийства Саске оканчивается провалом. Подоспевшие Наруто, Сакура и Ямато не в силах убедить отступника вернуться. Учиха желает испытать новую технику на гостях, раз и навсегда покончив с назойливыми ниндзя Листа, но его вовремя останавливает Орочимару, считая Лист хорошим союзником в борьбе с Акацуки. Новая Команда №7 возвращается в деревню ни с чем, однако отношения между её членами начинают налаживаться.
На пути каждого отряда встают Итачи Учиха и Кисаме Хошигаки соответственно. Одолев их и обнаружив ложные тела, отряды встречаются возле убежища и проникают внутрь. В то время как Команда №9 сражается со своими двойниками, Сакура и Чиё вступают в смертельную схватку с членом Акацки Сасори, который приходится Чиё внуком. Дейдара, напарник Сасори, едва не уничтоживший Деревню Песка, покидает пещеру вместе с телом мёртвого Казекаге. Наруто и Какаши преследуют его. В это же время Сасори, несмотря на железный песок и армию кукол, терпит поражение и перед гибелью рассказывает Сакуре о шпионе Орочимару, местом встречи с которым станет Мост Небес и Земли.

Наруто вымещает всю свою злость на Дейдаре, а когда обнаруживает на месте подрывника глиняный клон, даёт волю ярости и высвобождает три хвоста Покрова Девятихвостого. Сбежавший же Дейдара попадает под раздачу подоспевшей Команды №9. Даже без рук ему удаётся сбежать и подстроить собственную смерть.

Чиё принимает судьбоносное решение воскресить Гаару при помощи Кишо Тенсей ценой своей жизни. Мир теряет одного из известнейших кукловодов, зато вновь обретает справедливейшего из Казекаге. Отношения между Листом и Песком становятся ещё теплее, герои возвращаются домой.
В Страну Огня прониает "Бессмертный Дуэт" охотников за Хвостатыми - Хидан и Какузу. На перехват Цунаде несколько отрядов, один из которых сталкивается с нарушителями границ. В неравном бою погибает Асума Сарутоби, и его ученики, желая отомстить за учителя, начинают преследование преступников.

Ино Яманака выслеживает "Бессмертный Дуэт", Чоджи Акимичи и Какаши берут на себя Какузу, с Хиданом же лично решает расправиться Шикамару Нара, заманивая его в лес и там же взрывая. С пятью сердцами Какузу ситуация обстоит сложнее. На помощь приходят Ямато и Наруто, испытывая на алчном старике Расен Сюрикен. После того, как Какаши уничтожает последнее сердце Какузу, ниндзя Листа возвращаются в деревню и сообщают о том, что угроза безопасности стране ликвидирована.Учиха Саске более не желает быть учеником змеиного Саннина. Учинив расправу над Орочимару, он собирает собственную команду "Хеби" для поисков Итачи, в которую в итоге попадают Суйгецу Хозуки, Карин Узумаки и Джуго.

На пути к мести перед Саске встаёт Дейдара, желающий лично
разобраться с младшим братом своего заклятого врага. Обессилившие после долгого боя, оба падают на землю, и Дейдара принимает нелёгкое решение умереть ради искусства, подорвав себя же при помощи C0. Подрывник погибает, превращая всё вокруг себя в пыль, Саске же удаётся выжить, спрятавшись внутри Короля Змей.

Отряд из Листа начинает патрулировать окрестные леса. Цель - выследить Итачи раньше, чем это сделает Саске.

Тем временем, Джирайя пытается разгадать секрет Акацки, навещая Деревню Скрытого Дождя. Там он встречает бывшую ученицу Конан и странного человека с телом его бывшего ученика Яхико и глазами Нагато Узумаки, называющего себя Пейн. Старые знакомые настроены агрессивно против того, кто некогда обучил их азам выживания в на тот момент жестоком мире. Саннину приходится сдерживать натиск шестерых мёртвых тел, одно из которых ему даже удаётся отослать в родную деревню для изучения. Несмотря на помощь жаб с горы Мьёбоку и Режим Отшельника, Джирайе всё равно не удаётся выйти живым из боя. Перед смертью он выжигает на спине жабы Фукасаку шифр, после чего его тело опускается на морское дно.

Далее перед "Хеби" возникает уже другой член Акацуки - Кисаме, пропускающий в Убежище Учиха только брата Итачи. Шаринган и Мангекё Шаринган сходятся в смертельной битве, во время которой каждый из братьев раскрывает свои козыри: Саске тестирует Кирин, Итачи в свою очередь демонстрирует Аматерасу и Сусано, при помощи Меча Тоцука лишая младшего брата Проклятой Печати и остатков чакры Орочимару, запечатывая самого Саннина в вечной иллюзии. Почти заполучив глаза Саске, старший брат падает замертво. Удовлетворённый результатами прошедших тренировок, Саске теряет сознание.

В себя его приводит Тоби, рассказывающий подлинную историю Итачи и клана Учиха в целом. Саске переименовывает "Хеби" в "Така" и задаёт новую цель: уничтожение Скрытого Листа. Чуть позже "Така" получает задание поймать Джинчурики по имени Киллер Би, которое команда благодаря Мангекё Шарингану Саске успешно выполняет. Или не очень успешно?Узнав о смерти учителя, вернувшийся в Скрытый Лист Наруто впадает в депрессию, из которой его вытаскивают Ирука Умино и остальные друзья. Твёрдо решив стать сильнее, Наруто принимает предложение Фукасаку и отправляется туда, где обучался искусству Отшельника Джирайя - на легендарную гору Миобоку.

После обсуждения дальнейших действий организации с Тоби, Пейн и Конан атакуют Деревню Скрытого Листа, желая захватить Девятихвостого. Жители деревни держат оборону, но многочисленных жертв всё равно избежать не удаётся. Поняв, что искомого Джинчурики в селении нет, Пейн превращает Скрытый Лист в огромную воронку. Шима успевает призвать Наруто. Завидев цель, Пейн созывает все тела в одно место и приковывает Джинчурики к земле. Внезапно на защиту Наруто встаёт Хината Хьюга, которая пытается дать отпор Пейну, при этом едва не погибая.

Разъярённый герой более не в силах сдерживать натиск Хвостатого: сначала вырываются шесть, а затем и все восемь хвостов, которые Пейн пытается сдерживать при помощи "Чибаку Тенсей". От неминуемой гибели Наруто спасает образ из остатков чакры Четвёртого Хокаге Минато Намиказе, который по совместительству приходится герою отцом. Заперев Лиса и приободрив сына, бывший Хокаге исчезает, а окрепший духом Наруто завершает начатое, снова войдя в Режим Отшельника и добив Пейна.

Отыскав убежище Нагато и Конан, он побуждает первого признать свои ошибки и воскресить убитых им посредством "Ринне Тенсей", а вторая, вдохновлённая примерами доблести пары Узумаки, покидает Акацуки, выбирая мирную жизнь во благо своей деревни.

На руинах Скрытого Листа Наруто встречают как героя. Деревню начинают заново отстраивать.